Die untere Wasserbehörde prüft die Erlaubnisfähigkeit der Anlage aus wasserrechtlicher Sicht. Insbesondere in Wasserschutzgebieten sind die Einsatzmöglichkeiten für geothermische Anlagen entweder verboten oder nur in Ausnahmefällen möglich. Auch außerhalb von Trinkwasserschutzzonen können bei komplizierten Untergrundbedingungen ebenfalls Beschränkungen oder Verbote bestehen.